潔凈室由于各類的用途不同，潔凈室內生產的產品品種不同，要求的空氣潔凈度等級不同，所以各類潔凈室工程施工內容存在一定的差異。

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潔凈室工程施工內容（不包括廠房主體結構施工），主要有：潔凈室建筑裝飾（含回風地板等）施工，如：彩鋼板隔墻、天花，環氧樹脂自流平/砂漿薄涂層等地板，照明設備安裝、電氣系統的安裝；凈化空調系統及其風管、過濾器的施工安裝。

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潔凈室工程施工內容是隨其用途、產品品種、空氣潔凈度等級以及科學技術的發展而有所不同，在具體工程項目的實際施工中應按設計圖紙的要求和業主、設計方、設備供應商提供的技術資料，在認真消化的基礎上，結合國際、國內的相關標準、規范，確定其施工內容，制定切合具體工程項目的潔凈室施工程序和建造質量標準，順利完成潔凈室的施工建造。