無塵車間工程凈化空調系統與一般空調系統相比，無塵車間工程凈化空調系統與一般的空調系統相比，有相同的部分特點溫濕度調節，又有自己的獨特特點更加的干凈，密封，有科學的檢驗與調試。

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1、無塵車間工程凈化空調系統所控制的參數除一般空調系統的室內溫、濕度之外，還要控制房間的潔凈度和壓力等參數，并且溫度、濕度的控制精度更高，部分無塵室要求溫度控制在±0.1℃范圍內等。
2、無塵車間工程凈化空調系統的空氣處理過程除熱、濕處理外，必須對空氣進行預過濾、中間過濾、末端過濾等。有些高級別的無塵室為了有效、節能，對送入無塵室的空氣先進行處理，采用集中新風處理，僅新風處理系統便設有多級過濾。當需要嚴格要求需去除分子污染物時，還應設置各類化學過濾器。
3、無塵室的氣流分布、氣流組織方面，要盡量限制和減少塵粒的擴散，減少二次氣流和渦流，使潔凈的氣流不受污染，以特別短的距離直接送到工作區。
4、為確保無塵室不受室外污染或鄰室的污染，無塵室與室外或鄰室必須維持一定的壓差(正壓或負壓)，特別小壓差在5Pa以上，這就要求一定的正壓風量或一定的排風。

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5、無塵車間工程凈化空調系統的風量較大(換氣次數一般10次至數百次)，相應的能耗就大，系統造價也就高。
6、無塵車間工程凈化空調系統的空氣處理設備、風管材質和密封材料根據空氣潔凈度等級的不同都有一定的要求；風管制作和安裝后都必須嚴格按規定進行清洗、擦拭和密封處理等。
7、無塵車間工程凈化空調系統安裝后應按規定進行調試和綜合性能檢測，達到所要求的空氣潔凈度等級;對系統中的高級效率過濾器及其安裝質量均應按規定進行檢漏等。