由于一些行業主管部門在制訂驗收標準時，缺乏專門知識，對醫藥凈化車間潔凈室的原理和特點了解不夠，往往將醫藥凈化車間設計廠房過于神秘化，復雜化，因此對醫藥凈化車間設計平面布局過于苛刻，造成很多不必要的麻煩。
   首先是平面布置方面的問題。這個問題在藥廠潔凈車間廠房和生物實驗室的平面設計中，尤為突出。主要的問題就是平面過于復雜，的確在醫藥凈化車間設計平面中，應盡量保證潔凈區不受污染，做到合理分區，潔污分開，人流、物流明顯，但一定要避免矯枉過正。

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   這個問題在緩沖室的設置上尤為突出。例如某藥廠人員進入潔凈廠房的過程是這樣的：換鞋緩沖 洗手消菌緩沖 潔凈走廊緩沖 或高等級別潔凈室。由此，工作人員在進入高等級別潔凈室工作前，需要進出9個房間，開啟關閉18扇門，其復雜程度可想而知。

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   另外，很多藥廠由于規模小投資少，醫藥凈化車間設計廠房十分緊湊，以至于每間輔助間的面積只有幾平方米，甚至只有2平方米，于是工作人員在幾乎不能同時容下2人的房間里，不停的開門、轉身、關門，以至于近乎暈頭轉向。
   要求嚴格是好事，但如果矯枉過正就會適得其反，很多工人為了進出方便，往往很多門都不關，很多房間形同虛設。將可以合并的房間合并，將沒有必要設置的房間取消，是解決這一問題的辦法。