醫藥車間凈化工程的設計、施工、廠房內設備設施的制造、安裝，生產用原輔物料，包裝材料質量、人凈物凈設施控制程序執行不利等都會影響產品質量。正由于存在主觀認識上的誤區，在污染控制過程中的潔凈技術應用不利，最終出現了有的藥廠投入巨資改造后，藥品質量并未明顯提高。因此，施工方面影響產品質量的原因是過程控制環節有問題，所以在醫藥車間凈化工程施工中會存在留有隱患，有如下具體表現。

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          1、凈化空調系統風道內壁不干凈，連接不嚴密，漏風率過大。

          2、彩鋼板圍護結構不嚴密，凈化廠房與技術夾層（吊頂）的密封措施不當、密閉門不密閉。

          3、裝飾型材及工藝管線在凈化廠房形成了死角、積塵。

          4、個別位置未按照設計要求施工，無法滿足相關要求規定。

          5、所用密封膠質量不過關、易脫落、變質。

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          6、回、排風彩鋼板夾道相通，粉塵從排風到進入回風道。

          7、工藝純化水、注射水等不銹鋼衛生管道焊接時內壁焊縫未成型。

          8、風道止回閥動作失靈，空氣侄灌造成污染。

          9、排水系統安裝質量不過關、管架、附件易積塵。

         10、醫藥車間凈化廠房壓差整定不合格，未能滿足生產工藝要求。